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游離核酸抽提方法選擇指引

2020-07-02 10:38 來(lái)源:上海遠(yuǎn)慕生物試劑

人體細(xì)胞在凋亡的過(guò)程中,DNA斷裂并分泌至細(xì)胞外。健康細(xì)胞,胎兒細(xì)胞,腫瘤細(xì)胞以及移植的細(xì)胞都可以通過(guò)這種方式釋放游離DNA至血液中。同時(shí)cfDNA(cell-free DNA) 是腫瘤和產(chǎn)前診斷研究中,被證實(shí)有用的標(biāo)記物。

隨著液體活檢技術(shù)的不斷發(fā)展,對(duì)這些的游離核酸檢測(cè)有望成為替代組織活檢的重要方法。大家比較熟悉的游離核酸檢測(cè)手段有定量PCR、NGS等傳統(tǒng)方法和正在迅猛發(fā)展的數(shù)字PCR。

但cfDNA在體液中的含量非常低,通常血清中含量低于10ng/mL。 如何從含量如此低的樣本中,抽提出適合檢測(cè)手段的游離核酸?

液體活檢技術(shù)的興起,使得游離核酸樣本的數(shù)量大增,高通量形式的核酸抽提成為了工作者們的追求,如何低成本解決通量問(wèn)題?

那就從下方的描述中找到適合您的游離核酸抽提方式吧。

市面上的游離核酸抽提試劑盒大多是基于柱膜法的原理、還有一部分是基于磁珠法的抽提原理。有單管離心、多管真空抽濾、96孔板真空抽濾、磁珠法高通量等形式。*常用的為多管真空抽濾的方式。

多管真空抽濾

采用真空抽濾的方法,在真空抽濾裝置上,可同時(shí)提取24個(gè)1-10mL血清、血漿、尿液等樣本, 結(jié)合&洗滌過(guò)程無(wú)需使用離心機(jī)。大多客戶(hù)用此方法來(lái)抽提2-4mL血漿,得到的游離核酸用于后續(xù)的PCR、NGS、甲基化研究。整個(gè)抽提過(guò)程需要約45min-3h不等,具體的操作時(shí)間要根據(jù)使用的品牌來(lái)定。

 

應(yīng)用數(shù)據(jù):

從5mL EDTA血漿中純化cfDNA
NucleoSnap? DNA Plasma kit 和競(jìng)爭(zhēng)對(duì)手(Competitor Q)比較結(jié)果

從Cell-Free DNA BCT? (Streck)提取cfDNA
 3個(gè)不同Cell-free DNA BCT? 保存的樣品,分別使用 NucleoSnap? DNA Plasma (MN) 和a vacuum-processed kit of a competitor (Q)提取cfDNA.使用Bioanalyzer? 2100 with a High Sensitivity DNA Kit (Agilent)檢測(cè),分離到的游離核酸在170bp附近有典型的峰(箭頭標(biāo)記)

10mL尿液中分離cfDNA電泳圖
抽提的cfDNA使用 Bioanalyzer? 2100 with a High Sensitivity DNA Kit (Agilent)分析,在170bp附近有典型的片段分布

 

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